Tính năng bảo mật mống mắt Iris Scaner của máy có cơ chế hoạt động tương tự trên Galaxy Note 7 của Samsung: Sử dụng 2 camera trong đó có một camera hồng ngoại để quét mống mắt. Đây là tính năng bảo mật tiên tiến mà chưa smartphone nào trong phân khúc giá 7 triệu đồng được trang bị.
Tính năng quét mống mắt của máy nhanh và chính xác không thua kém Note 7. Máy có thể nhận diện ngay cả khi người dùng đeo kính cận và có âm thanh cảnh báo khi để máy quá xa, không nhận diện được. Ngoài ra, Prime X Pro còn có cảm biến vân tay, người dùng nên sử dụng cả hai tính năng bảo mật cùng lúc vì trong một số trường hợp như khi đeo kính mắt, máy không thể quét mống mắt được.